... La Ley Orgánica de la Armada de México, está basada en la fracción VI del artículo 89 constitucional que identifica su misión:

.......La Armada de México es una institución militar nacional, de carácter permanente, cuya misión es emplear el poder naval de la Federación para la defensa exterior y coadyuvar en la seguridad interior del país.

....... Y especifica como atribuciones de la Armada de México:

I. Organizar, adiestrar, alistar, equipar y operar a las fuerzas que la constituyen para el cumplimiento de su misión y ejercicio de sus funciones;
II. Cooperar en el mantenimiento del orden constitucional del Estado Mexicano;
III. Realizar acciones para salvaguardar la soberanía y defender la integridad del territorio nacional en el mar territorial, zona marítimo-terrestre, islas, cayos, arrecifes, zócalos y plataforma continental; así como en aguas interiores, lacustres y ríos en sus partes navegables, incluyendo los espacios aéreos correspondientes, así como vigilar los derechos de soberanía en la zona económica exclusiva;
IV. Proteger el tráfico marítimo, fluvial y lacustre, en el área de jurisdicción federal y donde el Mando Supremo lo ordene y, en coordinación con otras autoridades competentes mediante convenios, establecer por instrucción del Mando Supremo las áreas de control al mismo, incluidos los respectivos espacios aéreos;
V. Salvaguardar la vida humana en la mar y en las aguas interiores, mediante operaciones de búsqueda, rescate y salvamento en las aguas marinas nacionales e internacionales y en todas aquellas en las que el Mando Supremo lo ordene;
VI. Proteger instalaciones estratégicas del país en su área de jurisdicción y donde el Mando Supremo lo ordene;
VII. Auxiliar a la población en los casos y zonas de desastre o emergencia; aplicando los planes institucionales de protección civil, en coordinación con otras autoridades;
VIII. Proteger los recursos marítimos, fluviales y lacustres nacionales;
IX. Garantizar el cumplimiento del orden jurídico en las zonas marinas mexicanas por sí o coadyuvando con las autoridades competentes en el combate al terrorismo, contrabando, piratería en el mar, robo de embarcaciones pesqueras, artes de pesca o productos de ésta, tráfico ilegal de personas, armas, estupefacientes y psicotrópicos, en los términos de la legislación aplicable;
X. Realizar actividades de investigación científica, oceanográfica, meteorológica, biológica y de los recursos marítimos, actuando por sí o en colaboración con otras instituciones nacionales o extranjeras, o en coordinación con dependencias del Ejecutivo;
XI. Intervenir, sin perjuicio de las atribuciones de las dependencias del Ejecutivo, en la prevención y control de la contaminación marítima, así como vigilar y proteger el medio marino dentro del área de su responsabilidad, actuando por sí, o en colaboración con otras dependencias e instituciones nacionales o extranjeras;
XII. Fomentar y participar con las autoridades civiles en actividades socio-culturales y cívicas en aspectos relacionados con el medio marítimo;
XIII. Realizar levantamientos topográficos de los mares y costas nacionales y publicar la cartografía náutica, así como la información necesaria para la seguridad de la navegación; y participar y fomentar toda actividad relacionada con el desarrollo marítimo nacional;
XIV. Administrar y fomentar la educación naval en el país, y
XV. Las demás que le señalen las disposiciones aplicables y le encomiende el Mando Supremo.

El acuerdo presidencial del 8 de septiembre de 1941, del Presidente Manuel Ávila Camacho, determina la jurisdicción de la Secretaría de Marina como:

.......... una faja de territorio nacional, de 10 kilómetros de anchura a partir de la línea de marea media, así como las zonas que queden comprendidas entre dos líneas paralelas al lado y lado de las riberas de los ríos navegables, colocadas a cinco kilómetros a partir de ambas orillas y con una penetración río arriba, hasta donde se efectúen maniobras de navegación, limitadas en particular para cada río, con sujeción a las necesidades de las operaciones navales.

....... En la actualidad la Secretaría de Marina cumple todas sus actividades por sí sola o en coordinación con otras Secretarías de Estado e instituciones nacionales y extranjeras, también participa en los convenios, convenciones y tratados de los que nuestro país es signatario y tienen relación con el mar y las actividades marítimas, como son: