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El Brigadier de la Armada José Maria de la Vega, jefe del Departamento de Marina, conciente de la imperiosa necesidad que había de atender a la formación del personal naval, el 19 de abril de 1897, presento una iniciativa para crear la Escuela Naval, aprobada por el Presidente Porfirio Díaz, en acuerdo del 21 de abril, estableciéndose en el Puerto de Veracruz y comunicado al Secretario del Despacho de Guerra y Marina, Felipe B. Berriozabal.

Asi es como en la Comandancia Militar de Veracruz, se inician las actividades del plantel el 1° de julio de 1897, bajo la dirección del Comodoro Manuel Izaguirre y el alumnado de 44 cadetes.
Para el año de 1903, siendo necesario tener una mayor amplitud, se construyó el nuevo edificio, en los mismos cimientos de la antigua Comandancia Militar.

Esta escuela suspendió sus actividades cuando fue tomado el puerto de Veracruz, durante la segunda intervención norteamericana en el año de 1914, reabriendo sus puertas hasta el año de 1919 con el nombre de Academia Naval; después en el año de 1932 al crearse la dirección General de Educación Militar, se introdujeron varias reformas tanto en el programa de estudios como en la educación de los alumnos. Se limito la duración de estos, a solo tres años y se estableció el requisito para ingresar, el haber cursado en el Colegio Militar las carreras de Infantería, Caballería, Artillería e Intendencia, en 1937 se produjo una nueva reforma, aceptándose de nuevo a alumnos de concurso directo, sin mas requisito educativo que el haber concluido sus estudios secundarios.

En 1952 la escuela cambia de sede y se traslada a sus nuevas instalaciones en el poblado de Antón Lizardo, quedando y estableciéndose en el antiguo edificio la Escuela de Clases y Marinería de la Armada de México. Es hasta el 1° de julio de 1997 cuando abre sus puertas al público como Museo Histórico Naval de Veracruz.